Stephan Klarer ist in Zürich in einer Kirchenmusikerfamilie aufgewachsen. Erster Gesangs- und Chorleitungsunterricht bei Johannes Fuchs, später Dirigierausbildung an der Diözesanen Kirchenmusikschule St. Gallen bei Roland Bruggmann. Er studierte Fagott am Konservatorium Zürich bei Tomasz Sosnowski (Orchesterdiplom 1995). Gesangsausbildung am Konservatorium Zürich bei Jane Mengedoth-Thorner und Ulrich Studer. Kapellmeisterausbildung bei Ralf Weikert und Manfred Honeck an der Musikhochschule Zürich (Kapellmeisterdiplom 1997). Kirchenmusikstudium am Institut für Kirchenmusik Zürich bei Beat Schäfer (Kantorendiplom 1998). Er besuchte Meisterkurse bei Eric Ericson, Anders Eby, Christoph Biller, Helmuth Rilling und Masaki Suzuki. Von 1994 bis 2007 war Stephan Klarer als Kirchenmusiker an der Liebfrauenkirche Zürich mit der Leitung der vokalen und instrumentalen Ensembles beauftragt. 2003 initiierte er die Konzertreihe Geistliche Abendmusik, deren künstlerischer Leiter er seither ist. Seit 2008 leitet er die Kantorei Herz-Jesu Zürich-Wiedikon. Seit 1999 ist er zudem Dozent für Chorleitung und Leiter des Motettenchors im Departement Musik der ZHdK (Zürcher Hochschule der Künste); 2007 übernahm er dort auch die Studienleitung der Teilzeitausbildungen Kirchenmusik.
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